「通勤手当は非課税」「社宅は会社負担で問題ない」。こうした認識のまま処理を続けてしまい、後から税務調査で指摘されるケースが増えています。
特に従業員数が少ない会社では、給与計算や経理処理を社内で行っていることも多く、税区分の理解があいまいなまま運用されていることがあります。その結果、税務調査で誤りが見つかり、追徴課税につながるトラブルが発生します。
目次
1. 通勤手当は「すべて非課税」ではない
通勤手当は非課税というイメージを持っている人は多いですが、実際には非課税には上限があります。
例えば、公共交通機関を利用する場合でも、一定額を超える部分は課税対象になります。また、自家用車通勤の場合は、通勤距離に応じて非課税限度額が決まっています。
このルールを理解せず、すべて非課税として処理してしまうと、給与課税の計算が誤っていることになります。
2. 社宅制度も税務ルールがある
社宅についても同様です。会社が家賃を全額負担している場合、そのままでは給与として課税される可能性があります。
税務上は「適正な家賃」を従業員から徴収しているかどうかが重要なポイントになります。
もし会社が大部分を負担していて、本人負担が極端に少ない場合、その差額が給与として扱われることがあります。
3. 税務調査でまとめて指摘される
通勤手当や社宅の税区分は、毎月の給与計算の中で処理されるため、誤りがあってもすぐには気付きにくいものです。
しかし税務調査では、数年分をさかのぼって確認されることがあります。結果として、数年分の給与課税の誤りがまとめて指摘され、追徴課税や加算税が発生することもあります。
金額自体は一件ごとに小さく見えても、人数と年数が重なると、想定以上の負担になることもあります。
4. 小規模企業ほど起きやすい理由
こうした会計トラブルが小規模企業で起きやすい理由は、業務の分担が限られていることです。
給与計算、経理処理、労務管理を同じ担当者が兼任していることも多く、専門的な税務知識が十分に整理されないまま運用されてしまうことがあります。
また、制度を作った当初は正しく処理していても、担当者が変わることで運用が変わり、いつの間にか誤った処理が続いているケースもあります。
5. トラブルを防ぐための基本対策
社宅や通勤手当の税務トラブルを防ぐためには、次の点を確認しておくことが重要です。
- 通勤手当の非課税限度額を理解する
- 自家用車通勤の距離区分を正しく設定する
- 社宅の本人負担額が税務基準を満たしているか確認する
- 給与計算ルールを定期的に見直す
一度制度を作って終わりではなく、定期的にチェックすることで、長期間の誤処理を防ぐことができます。
まとめ
通勤手当や社宅は、福利厚生として一般的な制度ですが、税務上の取り扱いを誤ると追徴課税につながる可能性があります。
小さな会社ほど、制度の運用が慣習になりやすく、見直しの機会が少なくなりがちです。給与計算や経理処理のルールを定期的に確認することが、会計トラブルを防ぐ第一歩になります。
筆者プロフィール
泉 正道（いずみまさみち）｜特定社会保険労務士／採用定着士／生成AIアドバイザー
姫路を拠点に中小企業延べ150社以上へ伴走。採用・定着・労務の相談累計3,000件超（2026年6月現在）。北は福島、南は佐賀まで顧問先があり、全国オンライン対応。
「採用より定着が先」——これが口癖であり、信念。耳が痛くても言い続ける。親に与えてもらった環境や収入を「全て自分の力」と誤解する2代目社長に説教して解約された経験あり。それでも伝え続けるのが私の役目。
支援の軸は制度（ハード）と対話（ソフト）の両輪。就業規則や評価制度を整えるだけでも、研修や面談を繰り返すだけでも、人の問題は解決しない。両方が噛み合って初めて、人が辞めない組織が動き出す。伴走とダメ出しができる社労士。
生成AI支援では「研修を受けた企業の9割が1ヶ月後に何もしていない」という現実に向き合い、経営者のPCを直接触り、当日に課題を解決する「実装型」の伴走を展開。商工会・商工会議所・大手生命保険会社でのセミナー講師としても精力的に活動中。