姫路の特定社労士が解説|36協定の労基署チェックが変わる——2026年9月1日から「健康確保措置」重視へ

姫路の特定社労士が解説|36協定の労基署チェックが変わる——2026年9月1日から「健康確保措置」重視へ

2026年8月19日、厚生労働省が時間外労働に関する相談・支援と監督指導の見直しを公表しました。この見直しは、2026年9月1日から全国の働き方改革推進支援センターと労働基準監督署で実施されます。

「36協定はちゃんと届け出ているから大丈夫」。姫路の中小企業経営者から、よくこう聞きます。しかし今回の見直しは、まさに「届け出ているかどうか」の先を見るように、労基署のチェックの視点そのものを変えるものです。

協定書を出しているだけで安心していた会社ほど、今回の変化には注意が必要です。何がどう変わるのか、順を追って解説します。

読み終えたときに、自社の36協定が「書面だけ」なのか「運用まで伴っている」のかを、自分の言葉で説明できる状態を目指しましょう。


目次

  1. 何が発表されたのか——2026年8月19日、厚労省の方針転換
  2. 何が変わるのか——「時間数」から「健康確保措置」へ
  3. 36協定の「健康確保措置」とは、そもそも何か
  4. 姫路の中小企業が今すぐ確認すべきこと
  5. 「協定書はあるが、運用がない」という一番多い落とし穴
  6. よくある質問

何が発表されたのか——2026年8月19日、厚労省の方針転換

2026年8月19日、厚生労働省は時間外労働に関する相談・支援と監督指導の見直しを公表しました。全国の働き方改革推進支援センターと労働基準監督署において、2026年9月1日から新しい運用が始まります。

ここで誤解してはいけないのは、月45時間・年360時間といった時間外労働の上限規制そのものは、一切変わらないという点です。変わるのは、労基署が調査・指導を行う際に「どこを重点的に見るか」という視点です。

これまでは、届け出た時間数の範囲内かどうかという「数字の一致」が中心的なチェックポイントでした。今回の見直しでは、そこに加えて、36協定に定めた健康・福祉を確保するための措置が、実際に機能しているかどうかが重点的に確認されるようになります。

背景には、長時間労働そのものは是正されつつある一方で、過重労働による健康被害やメンタル不調の相談が、依然として後を絶たないという実態があります。時間数だけを管理していても、実際に働く人の健康が守られているとは限らない。今回の方針転換は、こうした問題意識から生まれたものだと理解しておくと、実務対応の優先順位もつけやすくなります。


何が変わるのか——「時間数」から「健康確保措置」へ

これまでの労基署の指導は、「時間数だけを見る一律の指導」という側面が強くありました。届け出た上限時間を超えていないか、特別条項の発動回数が上限内か。数字だけを照合すれば、ある程度の確認ができていたのです。

今回の見直しでは、この一律の数字チェックから一歩踏み込み、「協定書に書いた健康確保措置が、実際に機能しているか」が問われるようになります。つまり、書面上は完璧に見える36協定であっても、運用が伴っていなければ、今まで以上に指摘を受けやすくなるということです。

姫路の中小企業にとって、これは決して他人事ではありません。「協定書を出しているから大丈夫」という認識は、9月1日以降は通用しにくくなります。


36協定の「健康確保措置」とは、そもそも何か

36協定を締結する際、特別条項を設ける場合には、労働者の健康・福祉を確保するための措置を協定書に定めることが求められています。代表的な措置には、次のようなものがあります。

  • 医師による面接指導の実施
  • 深夜業の回数制限
  • 終業から始業までの一定時間以上の休息(勤務間インターバル)の確保
  • 代償休日・特別な休暇の付与
  • 健康診断の実施

問題は、こうした措置を協定書には書いているものの、実際には一度も実施していない、という会社が少なくないことです。書面上のチェック項目としてどれか一つを選び、そのまま何年も更新している。今回の見直しでは、こうした「書いているだけ」の状態が、まさに焦点になります。

中でも「医師による面接指導」は、多くの会社が選びがちな措置です。理由はシンプルで、他の措置と比べて協定書への記載がしやすいからです。しかし、記載のしやすさと、運用のしやすさはまったく別の話です。実際に対象者が出たときに、誰が面接指導の手配をするのか、どの医師に依頼するのか。ここまで決めていなければ、いざというときに機能しません。


姫路の中小企業が今すぐ確認すべきこと

まず確認していただきたいのは、自社の36協定書に、どの健康確保措置を定めているかということです。多くの会社が「医師による面接指導」を選んでいますが、実際に対象者が出たときに、面接指導を実施した記録が残っているでしょうか。

記録が残っていない場合、それは「協定書には書いてあるが、運用されていない」状態です。9月1日以降の調査では、この点が重点的に確認される可能性が高くなります。今のうちに、直近1年間で対象者が出たかどうか、出た場合に措置を実施した記録が残っているかを、一度点検してみてください。

記録が残っていない場合でも、慌てる必要はありません。今から運用の仕組みを整えれば、次回以降の対応は十分に間に合います。重要なのは、9月1日という日付を、対応を先送りする理由にしないことです。

具体的には、①誰が残業時間を月次で集計し、②誰が対象者の該当を確認し、③誰が面接指導や休息の手配をするのか。この3つの役割を、あらかじめ決めておくことをおすすめします。役割が曖昧なままだと、「気づいたら対象者の措置を実施し忘れていた」という事態が起こりやすくなります。

すでに36協定を締結している場合でも、現在の協定期間中に運用体制だけを先に整えることは可能です。健康確保措置の内容そのものを変更するのは次回の更新時からでも、実施の担当者や手順を先に明確にしておけば、9月1日以降のチェックにも落ち着いて対応できます。


「協定書はあるが、運用がない」という一番多い落とし穴

これを、姫路のある中小企業に置き換えて考えてみます。

  • 36協定は毎年きちんと締結・届出している
  • 特別条項に「医師の面接指導」を措置として記載
  • 実際には、対象となる残業時間を超えた社員がいても、面接指導を実施した記録は一度もない
  • 担当者も「協定書に書いてあるから大丈夫」と思い込んでいた

このケースでは、届け出という手続き自体には問題がありません。しかし、実態が伴っていないため、今回の見直し後は指摘を受けるリスクが高まります。「協定書を出す」ことと「協定書どおりに運用する」ことは、まったく別の作業です。この違いを、経営者自身が理解しておく必要があります。

こうした落とし穴は、社労士に手続きを任せきりにしている会社ほど起こりやすいものです。協定の締結・届出という「入口」は専門家に任せられても、日々の運用という「出口」まで任せきりにできる会社は、実はそう多くありません。運用の主体は、あくまで社内にあるということを、忘れないでください。


よくある質問

Q. 時間外労働の上限規制そのものは変わりますか?

A. 変わりません。月45時間・年360時間などの法律上の上限規制は、これまでどおりです。今回変わるのは、労基署が調査・指導を行う際の重点ポイントです。「時間数の一致」だけでなく、「健康確保措置の実施状況」まで踏み込んで確認されるようになります。

Q. 健康確保措置を実施していなかった場合、すぐに罰則の対象になりますか?

A. 一般的には、いきなり罰則ではなく、まず是正勧告書が交付され、違反内容と改善期限が示されます。ただし、指摘を放置したり、繰り返し是正されない状態が続いたりすると、より重い対応につながる可能性があります。指摘を受ける前に、自主的な点検をおすすめします。


まとめ

2026年9月1日から、労基署による36協定のチェックは、「時間数の一致」から「健康確保措置の実施状況」へと重点が移ります。上限規制そのものは変わりませんが、協定書に書いた措置が実際に機能しているかが、これまで以上に問われます。

「協定書はあるから大丈夫」という思い込みこそが、一番のリスクです。9月1日を境に、労基署が見るポイントは確実に変わります。今のうちに、自社の協定書と実態のズレを点検しておきましょう。

「これって違法?」「トラブルになる前に相談したい」——そのタイミングが一番大事です。姫路の中小企業の現場を知る社労士が、一緒に整理します。